eclipseからTrayIconを表示させるとメニューが文字化ける

Eclipse上で、TrayIconを表示するクラスのmain関数を実行(Run As -> Java Application)するとポップアップメニューの表示が豆腐になる。でも、同じクラスファイルを使ってjavaコマンドによりmain関数を実行させると文字化けない。この差は何なのだろう。